In seizoen 13 van NCIS worden de missies persoonlijk wanneer iemand van het team wordt ontvoerd, nieuw bewijs hun conclusies in twijfel trekt en iemand uit het verleden het team en hun bondgenoten bedreigd. Zelfs nu het gevaar zo dichtbij komt weet Special Agent Lero Jethro Gibbs dat hij kan rekenen op zijn team om te gaan met de crises die de Amerikaanse militairen en de nationale veiligheid aantasten. De belangen zijn nog nooit zo hoog geweest en dan maakt Special Agent Anthony DiNozzo ook nog eens in de onvergetelijke laatste aflevering zijn laatste optreden.