Samen met zijn beste vriend Pikachu gaat Ash verder met zijn opdracht om ‘s werelds grootste Pokémon trainer te worden. Tijdens hun reis ontmoeten ze Lizabeth, die hen vertelt over de legende van de Watermensen, de Tempel van de Zee en de Zeekroon. Ze ontmoeten ook Pokémon Ranger Jackie, die op een geheime missie is om het ei van Manaphy (ook wel Prins van de Zee genoemd) te beschermen tegen The Phantom. Deze piraat is uit op de Zeekroon om over de wereld te kunnen heersen. Maar daarvoor moet hij eerst het ei van Manaphy vinden. Lizabeth, Ash en zijn vrienden helpen Jackie op zijn missie het ei terug te brengen naar de Tempel van de Zee. Daar zullen de mysterieuze krachten van Manaphy duidelijk worden.