Een auto rijdt over een verlaten weg in het holst van de nacht en houdt halt onder een spookachtig viaduct. Uit de koffer wordt een lijk gehaald. Iets later wisselen twee mannen samenzweerderige blikken uit in een gang, nadat één het bloed van een paar schoenen heeft geschrobd. Net wanneer je denkt in een film noir te zijn beland, springt Servants 143 dagen terug in de tijd, naar het moment waarop de jonge priesters in wording Michal en Juraj toetreden tot een ultrastreng katholiek seminarie in Bratislava. Samen met tientallen andere jongemannen in donkere gewaden zullen de tieners de bevelen van de decaan gehoorzamen.

1980. In het voormalige Tsjechoslowakije oefent de communistische regering invloed uit op de Katholieke Kerk door die te onderwerpen aan strikte overheidscontrole. Pacem in Terris, een door de communistische staat ondersteunde katholieke organisatie, was in 1971 opgericht om priesters in het gareel te houden. Tegen deze achtergrond raken Michal en Juraj in een machtsstrijd verwikkeld tussen kerk en staat. Blijven ze trouw aan hun idealen? Of zwichten ze voor de druk van de geheime politie?