Meisjes, huiswerk en kryptoniet... hoofdbrekers genoeg voor de jonge Clark kent op zijn verdere pad naar het superheldendom.
Clark Kent is niet van deze wereld. Ondanks zijn verwoede pogingen op te gaan in de bescheiden gemeenschap van Smalville kan Clark niet om zijn 'gaven' heen, die hij keer op keer moet in zetten om het hoofd te bieden aan de bizarre, vaak kryptoniet-gerelateerde fenomenen die zich in Smalville manifesteren.
Het tweede seizoen concentreert zich op de spectaculaire jeugdjaren van de sympathieke superheld. Zoals elke adolescent worstelt ook Clark met het hoe en het waarom van zijn bestaan. En in zijn geval zou de uitkomst wel eens verregaander gevolgen kunnen hebben voor de mensheid dan bij een doorsnee tiener. Is de reden van zijn aanwezigheid op de aarde de mens bijstaan of misschien wel vernietigen?