In The X-Files volgen we de FBI-agenten Fox Mulder en Dana Scully die zich ontfermen over de X-Files, onopgeloste zaken die aan het paranormale zouden kunnen gelinkt worden. Mulder, die beweert als klein jongetje gezien te hebben hoe zijn zus door aliens werd ontvoerd, is er rotsvast van overtuigd dat er een hele wereld bestaat die rationeel niet verklaard kan worden. En Scully, een arts van opleiding, blijft steeds vastberaden om te bewijzen dat wetenschap zelfs datgene kan verklaren wat onverklaarbaar lijkt. Niets – zelfs niet haar eigen mogelijke alienontvoering – kan haar van gedachten doen veranderen.