Sonic heeft zich in Green Hills gevestigd en wil dolgraag bewijzen dat hij een echte held is. Zijn ultieme test komt wanneer Dr. Robotnik terugkeert. Dit keer heeft hij een nieuwe partner, Knuckles. Samen zijn ze op zoek naar een smaragd die de kracht heeft om de gehele beschaving te vernietigen. Sonic vormt een team met zijn eigen sidekick, Tails, en samen beginnen ze aan een reis rond de wereld om de smaragd te vinden voordat deze in verkeerde handen valt.