Bloedbroeders Acerola en Laranjinha groeiden samen op in een omgeving waar geweld hoog in aanzien stond bij lokale straatbendes. Nu zijn achttiende verjaardag snel nadert, wil Laranjinha de vader die hij nooit gekend heeft vinden. Acerola echter heeft het erg moeilijk met de opvoeding van zijn eigen zoon. Wanneer beiden tegenover elkaar komen te staan in een bendeoorlog, worden de vrienden voor het leven geconfronteerd met een schokkend geheim uit hun verleden.
Om de fictie zo echt en natuurlijk te laten lijken werd de film op een documentaire wijze gedraaid met vele niet-professionele acteurs. Met Cidade dos homens keert producer Fernando Mireilles terug naar de Braziliaanse favela's van Cidade de Deus.