Emperor is een verhaal over liefde en begrip dat zich afspeelt tijdens de spanningen en onzekerheden van de dagen die onmiddellijk volgen na de Japanse overgave aan het einde van de Tweede Wereldoorlog. Binnen de staf van Generaal Douglas MacArthur, die de feitelijke leider van Japan is als opperbevelhebber van de bezettende macht, moet een Japan-expert, Generaal Bonner Feller, een beslissing van historisch belang nemen: moet Keizer Hirohito berecht en veroordeeld worden als oorlogsmisdadiger? Zijn beslissing wordt in grote mate beïnvloed door zijn herinneringen aan en de zoektocht naar Aya, een Japanse studente die hij jaren geleden ontmoet heeft in de VS.